Analógico esquerdo: Movimentam Ethan Cole 
Analógico direito: Movimento da câmera 
Digital esquerda/direita: Inclinar-se lateralmente 
Digital para cima: Transição entre humano e mutação 
Select: Exibir objetivo atual 
L1: Saltar 
L2: Abaixar 
L3: Lanterna 
R1: Atirar / Usar Scanner / Lançar parasitas (mutação) 
R2: Mirar 
R3: Golpear com arma / Ataque corporal (mutação) 
X: Ação / Recarregar arma atual 
Quadrado: Granada 
Triângulo: Próxima arma / Scanner 
Círculo: Arma anterior /Scanner 

Pegue sua arma no balcão de armamento. Vá para o estande de tiro e treine um pouco da sua pontaria. Siga o pessoal, pegue o scanner dentro da caixa sobre a mesa. Examine o braço do cadáver por meio do scanner. Prossiga seguindo o pessoal para poder receber novas ordens. 

Volte para a área de tiro, persiga o traidor, abaixe no primeiro obstáculo e salte o segundo. Atire nos tonéis explosivos quando o traidor estiver próximo. Pegue o rifle (, saúde e munição e depois volte para se reportar ao comandante. Tome o elevador. 

Apenas uma animação colocando você à par do acontecimentos. Um bom plano de fundo. 

Fique junto de seu grupo, arremesse granadas (dentro da caixa) nos mutantes. Avance para a próxima sala. Um cientista mutante sofrerá a transição diante de seus olhos. Dica: Golpear com arma é muito efetivo, às vezes melhor do que o próprio projétil. 

Vá para o centro da sala, assim você estará distante das chamas. Já que os mutantes podem passar as chamas para você causando sérios danos. Atente-se ao fato de que os inimigos podem surgir de várias direções. Ligue a lanterna e acompanhe os soldados, aproveite as lanternas deles de modo a evitar ataques surpresa dos inimigos. Passe o scanner no corpo em decomposição sobre a mesa, recupere saúde e munição na prateleira à esquerda. Suba a escada e passe por duas portas. 

Três soldados ficarão no começo da rampa, você e outro soldado devem descê-la e entrar pela porta à esquerda. Dirija-se à sala do gerador, existem três feixes de energia em movimento, dois na mesma direção e o inferior na direção oposta. Basta você acompanhar os dois superiores e ir saltando o inferior assim que ele passar (duas vezes no máximo). Passe o scanner no cartão jogado no chão. Suba a escada de mão ao lado, abaixe e torne a levantar a alavanca. 

Volte para junto de seus soldados, os mutantes atacarão, porém os seus soldados juntos darão conta do recado. Suba a rampa e entre pela porta. 

Não vá para o meio do combate, há muitas granadas sendo detonadas por lá ??? ajude atirando à distância segura. Pegue saúde na prateleira, vire à esquerda. Cruze a passarela, vá para a sala de comunicações e acione o painel principal. Volte para a área externa, desça a escada no final, apenas passe pela sala ao lado. 

As aranhas surgirão em grande número, granadas não ajudarão muito, é melhor usar o rifle e ir se afastando de modo que elas não te cerquem. Suba a escada e entre na primeira sala à esquerda. 

Mate alguns monstros nesta sala, saia e entre na sala depois da passarela. A porta a seguir é pela esquerda, mas antes pegue o braço do soldado morto perto dos escombros à direita. Volte e coloque num dos leitores laterais da porta e acione o outro restante. Pegue o cartão ao lado do traje de cientista e entregue-o ao pessoal que lhe aguarda na outra sala. Forneça proteção a Crispy enquanto ele hackeia o computador. 

Mate alguns mutantes, todavia vise subir a rampa e ativar os controles do guindaste - ou o ataque inimigo não cessará. Desça a rampa, suba a escada de mão ao lado, caminhe sobre a plataforma e depois caia na abertura no teto de grade. Pressione o botão que abrirá o portão próximo da escada de mão. Combata alguns mutantes e então vá para lá. 
O caminho pelo portão não é possível, vire à esquerda (de onde o mutante saiu), suba a rampa e cruze o duto de ar. 

Crispy foi contaminado, não há outro meio, senão acabar com a vida dele. A shotgun é muito boa nesta tarefa. Chame o elevador. 

Esteja preparado para atirar logo que sair do elevador. Vire à direita, desça a escada e faça contato com Bridges por meio do computador adiante. Prossiga pela porta à esquerda, desça a escada de salte para o solo. 

Encontre-se com o restante do time e ajude-os a resistir aos ataques iniciais. Suba a escada, pegue a caixa de munição na sala de armamento. Carregue as duas torres de tiro, assim seus soldados automaticamente assumirão o controle delas. 

Volte para a sala de armamento, examine o corredor com luzes vermelhas e pegue os cabos. Desça a escada novamente, entre pelo duto de ar com a grade quebrada. 

Conserte o suprimento de energia. Use o rádio embaixo da escada para contatar Bridges. 

Siga Chew que o escoltará até uma sala. A passagem é pela esquerda, mas está bloqueada. Suba nas caixas à esquerda, caminhe sobre a viga e caia logo adiante. Pegue os explosivos, deixe a sala, siga Chew e entregue os explosivos a ele. Assuma o controle de uma das torres, atire no explosivo plantado por Chew e permaneça atirando nos mutantes. Ao sair da torre, siga seu grupo. 

Ethan Cole, seu personagem, foi infectado e se encontra na condição de mutante. Não pode carregar armas, entretanto o ataque com as garras é muito efetivo - conforme você golpeia inimigos, seu medidor de mutagenia é regenerado, este fica logo acima da barra de saúde. Mate todos os mutantes da área até um deles baixar a escada de mão, então suba por ela. 

Tome o elevador, desça a escda e entre pela porta no final da passarela. Suba a escada alcançando o corredor principal, você fará o primeiro contato com os inimigos Black Ops. Entre na sala no final do corredor seguindo pela direita, entre na câmara que cessará o processo de mutação. Dica: Os Black Ops são clones da combinação de DNA humano e alienígena, obedecem às ordens dos Grays e Illuminati. 

Ao deixar a sala, uma mensagem do Dr. Cray aparece. Volte ao corredor, siga na direção oposta à anterior, mantenha-se em movimento matando os Balck Ops - eles sempre irão surgir se você ficar na defensiva. É possível passar este trecho como humano ou mutação, escolha o que te agrada. Pressione o botão de ação no corpo em decomposição para reabastecer seu medidor de mutagenia. Dica: Você agora será capaz de alternar entre humano e mutação. O tempo de permanência em mutação é limitado pelo medidor de mutagenia, use ataques corporais para reabastecê-lo. Outra novidade é poder arremessar parasitas nos inimigos. 

Os Black Ops executaram todos os cientistas, esteja com o medidor de mutagenia em boa condição, então transforme-se para acabar com os inimigos. Pegue o cartão ao lado dos cadáveres. Volte para o corredor e tome o elevador. 

Assuma a forma de mutante, mate todos os inimigos no corredor antes que eles se aglomerem perto do elevador. O caminho a prosseguir é pelo corredor central dobrando à esquerda. Proceda até encontrar a animação em que aparecem os Illuminati. 

Derrote todos os mutantes que saírem das celas. Perceba que um deles ainda permanece preso e acorrentado, você pode pressionar o botão de frente à cela até que o corpo seja carbonizado! Há mais dois painéis: um descerá o elevador e o outro abrirá as celas com itens de saúde. Tome o elevador, pressione o botão, desça e saia pela porta ao lado. 

Transforme-se em mutante e derrote todos os Black Ops pelo caminho. A tela com Dr. Cray surge novamente e um cronômetro também aparece - é o tempo que você tem para desarmar os explosivos C4 que estão na outra sala. Pegue o cartão com o cientista morto perto do local do explosivo. Desça a rampa, receba novas informações do Dr. Cray e tome o elevador. 

Dê alguns passos e ouça o Dr. Cray. Pegue uma chave com o soldado morto dentro do outro elevador, procure um pequeno armário na outra extremidade do corredor (apenas uma shotgun). Avance pela porta de frente ao segundo elevador. 

Desça a escada, pegue o sniper rifle com o soldado morto e treine um pouquinho com seu novo "brinquedo" no Black Ops logo abaixo. Antes de cruzar as passarelas e descer a escada de mão no final, acabe com os Black Ops nas passarelas ao alto - eles atuam como snipers. 

Caia no andar debaixo, mate mais Black Ops camuflados na escuridão, pressione um botão (há um pequeno armário, você poderá abri-lo se pegou a chave com o soldado morto no começo deste nível). Tome o elevador e dirija-se à entrada da sala de armas. 

Um Black Ops plantará explosivos no meio da passarela, o jeito é descer a escada de mão ao lado, perceba que tem um painel ao lado que exige cartão. Tomar o elevador logo à frente, pegue o cartão com o soldado morto e use-o no painel referido atrás. Volte para onde você pegou o cartão, empurre a portinha de segurança, caia sobre a plataforma quando ela vir e salte para a plataforma direita quando for possível.

Ande mais um pouco, ouça Dr. Cray novamente. Desça as passarelas e escadas, desative todos os sistemas para cessar o cronômetro na tela. Volte para metade da passarela, você deverá avistar alguns trechos bem danificados, vá saltando e alcance o elevador. 

Siga a trilha de corpos, suba a rampa, mate alguns Black Ops e dirija-se ao Laboratório passando por uma porta ao estilo de cofre. Finalmente encontre Dr. Cray pessoalmente. Deixe o laboratório e derrote os reforços inimigos, em seguida, volte e fale com o Dr. Cray. 

Tome o elevador, vá para a sala seguinte, fale com o cientista e prossiga pela porta que ele abrirá. Mate todos os mutantes e o cientista abrirá a próxima porta. Mate mais mutantes, passe o scanner no mutante sobre a maca e dê uma conferida no cientista morto - apenas por curiosidade. Entre na câmara, saia e pegue o frasco com o fluido. 

Dr. Victor tentará te escoltar de volta ao Dr. Cray, porém os Black Ops lançarão um ataque matando Victor. Mate os inimigos, desça pelo elevador (o mesmo), coloque o frasco de fluido no receptáculo. Entre na câmara desta sala. Você passará pela mutação fase 2, aprimorando a capacidade de lançar parasitas contagiosos. Ao tentar sua nova habilidade, os Black Ops atacarão o laboratório, mate todos e tome o elevador no final do corredor (não é o de sempre). 

Deixe o elevador, perceba que existe um leitor de retina à esquerda. Vá para o final do corredor pegue a cabeça decepada do cientista e coloque no leitor. Avance pela passagem que se abriu, desça a escada de mão de frente à porta com mal funcionamento. No painel de controle, pressione o botão direito e depois o esquerdo. A porta será destruída. 

Pegue munição de sniper rifle nesta sala e rume para a próxima. Empunhe-o, aproxime-se da borda da plataforma e atire nos inimigos que surgirão ao alto. 

A porta está trancada, vire à esquerda e chegue a uma sala esverdeada. Pressione o botão no local em que o mutante ataca o cientista, ele levitará as vigas de modo a formar uma passarela. Entre pela porta à esquerda, tome o elevador, cruze a referida passarela e pegue o cartão. Volte e abra a porta. 

Suba toda a escada, pressione o botão no painel, volte para a metade da escada e pressione o botão do segundo painel. Suba a escada novamente, vá para o final da passarela, caminhe sobre a plataforma estreita e entre no duto de ar. 

Caia sobre a grade do duto, atire para quebrá-la e poder sair. Mate dois Black Ops, fale com o soldado que logo morrerá e avance pela porta atrás dele. Pressione o botão de frente à porta, tome o elevador, pressione mais um botão e use o "elevador" do disco voador. Acione o painel dentro da nave e saia da mesma forma que entrou. 

Ao lado do botão de ativação do elevador há mais um outro botão que você deve pressionar gerando uma explosão - matando os inimigos e formando uma rampa. Caminhe sobre a rampa. 

Você avistará um outro disco voador, siga o caminho pela direita e pressione o botão do painel no final. O disco cairá, salte sobre ele, desça pelo elevador à direita, suba por outro elevador e continue em frente. Dica: Antes de saltar no disco voador, atire nos inimigos usando o sniper rifle - porém vá rapidamente para lá, pois sempre surgem mais inimigos. 

Acione o botão no painel e avance pela porta que se abriu. Na próxima sala, entre pela porta à esquerda. Apenas perceba a existência de um painel à esquerda, inútil neste momento. Pegue a arma BBG com um dos Black Ops. Dica: A BBG possui recarregamento automático, isto é, dispensa que você encontre munição para ela. 

Procure o painel de comunicações na parte mais baixa. Tente fazer contato com Bridges, mas há muita interferência. Deixe a sala, o objetivo é destruir quatro dispositivos de interferência atirando com quaisquer de suas armas. Destrua três deles, acione o painel referido antes fazendo uma escada de mão ser baixada. Suba por ela e destrua o quarto e último dispositivo. Volte à sala de comunicação e faça contato com Bridges. 

Continue descendo as escadas e passarelas, acabe com os vários Balck Ops e tome o elevador no final. O guindaste necessita de duas baterias: uma perto do veículo com antena e outra perto da empilhadeira de carga. Após inserir as baterias, ice o guindaste através do controle do outro lado, o guindaste se transforma numa rampa, suba-o. Cruze as passarelas, vá para a próxima sala, fale com o Illuminati e tome o elevador. Dica: Os Black Ops Leaders são superiores taticamente aos simples Black Ops e têm uma vestimenta especial que os tornam invisíveis. 

Após matar o mutante, surgirá alguns exemplares de uma nova espécie inimiga, mas que não é difícil de ser derrotada. Na refinaria, mate os Black Ops Leaders das proximidades, esconda-se atrás de algumas caixas, empunhe a BBG e vá atirando sem pressa nas torres de tiro até que ambas sejam destruídas. 

Entre as torres, há um portão que está trancado. O controle para abri-lo fica atrás da grade à esquerda. Procure uma plataforma de frente à saída do túnel que você veio, suba nas caixas, salte na espécie de chaminé (quando ela parar de exalar chamas), caminhe sobre o cano, salte noutra chaminé e outro cano. Finalmente, caia no cercado e abra o portão. Passe pela rampa para sair do lugar e cruze a ponte depois do portão que você destrancou. 

A grande dificuldade desta parte está nos vários snipers inimigos, analise bem os postos no alto das paredes e use as seringas de saúde espalhadas pelo lugar. A porta está trancada e o controle está dentro do bunker, então desça a escada de mão na borda, caminhe sobre os canos, suba por outra escada de mão e chegue ao bunker. Depois que pressionar o botão, saia passando abaixado pela porta e continue pela passagem que você abriu. 

Fale com o cientista e aguarde que ele abra a porta para você. Mate alguns inimigos e avance pela esquerda. Duas torres de tiro fazem a guarda, não tente destruí-las, vá pela direita e ative o controle da ponte. A partir deste ponto, você poderá ver que as torres são controladas por inimigos, mate-os. Cruze a ponte, suba a rampa e escada de mão e mate o último inimigo que restar (deverá surgir o próximo objetivo). 

Volte e fale com o cientista. A missão agora é escoltá-lo até o computador depois da ponte. Enquanto ele usa o computador, você deverá assumir o controle de uma das torres e dar cobertura a ele. O cientista abrirá a porta ao lado para você. 

Pegue dinamite na caixa perto da porta, plante-a na parede visivelmente bloqueada, tome distância e atire para detoná-la. Finalmente o confronto com Theta para se vingar pela morte de seus companheiros. Não há uma estratégia definida, use a BBG e se possível atire nos cilindros explosivos quando Theta estiver perto - isso também evita armadilhas. 

Saia pela direita assim que o veículo parar, você deverá ver alguns Grays do outro lado, mas não se preocupe. Cruze o corredor, o painel abre a porta esquerda para você escolher alguns itens, no entanto o caminho é pela porta direita. 

Fique perto da outra porta (trancada), assim é possível atirar nas torres sem maiores danos. A porta se abrirá quando as duas torres estiverem destruídas. Siga pela direita, pressione o botão no painel fazendo o elevador içar seu veículo continue pela outra porta desta sala. 

Uns Grays surgem, mas somente rapidamente quando é tentada uma aproximação. É preciso destruir as quatro torres de tiro, a melhor posição para isso talvez seja no final da plataforma à esquerda tendo como proteção o frasco gigante. A porta esquerda possui itens de saúde e munição (pegue-os, serão muito úteis), prossiga pela porta embaixo das torres e tome o elevador. 

Você precisa matar o Gray protegido por um campo de força, ele tem a capacidade de gerar Black Ops a todo instante. Entre no estado de mutante, lance vários parasitas até destruir o campo de força e o Gray simultaneamente. É claro que você precisará procurar abrigo e talvez recuperar um pouco de mutagenia antes de conseguir destruir o Gray. 

Pressione o três painéis na outra sala, pegue o meson cannon e suba a rampa depois da porta. Caso os inimigos se aglomerem, fique no corredor para que eles precisem ficar alinhados, assim serão derrotados mais facilmente. 

Saia do veículo, cruze o corredor, dobre à esquerda e tome o elevador. Derrote o Gray no campo de força da mesma forma que na fase anterior e tome o elevador na outra extremidade. 

Pegue saúde atrás do elevador, estenda a ponte e caminhe até a metade, volte rapidamente (o inimigo retraiu a ponte). Estenda a ponta novamente e avance rápido (não haverá interrupções desta vez), tome o elevador do outro lado. Dificuldade? Bem, esta parte está um pouco além, dois Grays em campos de força não é nada fácil, depois de muitas tentativas talvez você consiga passar esta parte e ir para a porta seguinte. 

Desça a rampa e destrua a primeira esfera de energia que se encontra entre as duas rampas. Rume para a próxima sala, mate os inimigos, desça a rampa e passe pela porta. 

O caminho para a próxima sala está bloqueado por um escudo, busque a origem do duto de alimentação e você encontrará um painel, pressione-o para desativar o campo de força. 

Volte algumas salas e enfrente o Theta aprimorado: use a BBG até esvaziar; enquanto espera o carregamento da arma, lance granadas e depois transforme-se em mutante para lançar parasitas. Volte para a primeira sala, suba a rampa, passe uma porta e vá para o veículo. 

Destruas torres, prossiga pela porta e tome o elevador. Entre no veículo para ir a outro setor. Tome mais um elevador. Pressione o botão do painel numa espécie de sacada. Desfaça seu caminho até o veículo. 

Cruze a ponte e tome o elevador. Destruir o núcleo dará um pouquinho de trabalho: Existem vários polígonos, atire duas vezes em cada um deles (tente manter a ordem para não dificultar, pois eles expelirão fogo). Na segunda parte, fique atrás das carapaças que rodeia o núcleo e destrua as torres nos dois pólos. 

Você tem 45 segundos para dar o fora, cuidado para não ser morto pelos Black Ops, senão vai ter de destruir o núcleo novamente. Ethan Cole voltará ao deserto do Arizona, e aquelas marcas no solo? Até parece o filme "Sinais" com o Mel Gibson, talvez deveríamos ter usados jatos de água ao invés de munição pesada.